Les microscopes les plus répandus sont les microscopes optiques, parfois appelés microscopes photoniques. Les microscopes électroniques sont également de plus en plus utilisés bien que plus coûteux. En laboratoire, on utilise les microscopes pour observer des échantillons de petite taille (cellules, tissus…). Les microscopes optiques sont caractérisés par leur grossissement et leur pouvoir de résolution.
Les microscopes classiques sont dotés d'une ou plusieurs lentilles qui constituent l'objectif, permettant de régler le grossissement du microscope. D'autres lentilles forment l'oculaire, où est placé l'œil pour l'observation. Pour réaliser de bonnes observations, le microscope doit être doté d'une source de lumière ainsi que d'un diaphragme permettant le réglage de la lumière.
Depuis peu, des microscope USB ont également fait leur apparition, qui permettent d'observer des objets avec un très fort grossissement sur un écran d'ordinateur.
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