La décontamination des équipements de laboratoire peut être opérée régulièrement et préventivement, ou ponctuellement lorsque le matériel a été en contact avec des micro-organismes spécifiques. La décontamination des équipements de laboratoire commence par le lavage systématique de tous les accessoires réutilisables qui sont mis en contact avec des substances potentiellement contaminantes : contenants de tous types, plateaux de balances, pipettes, etc. La décontamination de ces éléments se fait par lavage dans des produits spécifique, ou par traitement par la chaleur.
La décontamination de matériels non lavables, tels que les appareils électroniques, électriques ou informatiques, les mobiliers de laboratoires, etc., se fait le plus souvent par pulvérisation d'un produit désinfectant. Le produit choisi peut être un produit spécifiquement choisi pour traiter une contamination identifiée, sinon l'utilisation de vapeur de peroxyde d'hydrogène (VPH) permet une décontamination générique.
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